A medida que se fortalece la organización y crece el intercambio interdiocesano, va solidificándose la organización nacional. Del mismo modo que en las parroquias, las zonas o vicarías y las diócesis, en el país se organiza también la Pastoral Juvenil Nacional.

          El transcurrir del tiempo ha permitido comprobar la riqueza de los intercambios interdiocesanos y nacionales y su importancia para la elaboración de proyectos verdaderamente orgánicos que partan de las experiencias de los grupos de base y se consoliden en ámbitos y organismos de servicio a nivel nacional.

          La Comisión Nacional de Pastoral Juvenil (CNPJ) surge en el ámbito de la Conferencia Episcopal. Está integrada por el Obispo Presidente de la Comisión Nacional, el Secretario Ejecutivo, los asesores diocesanos y 2 delegados jóvenes de cada una de las diócesis del país.

           La CNPJ trabaja con objetivos específicos en cuatro programas, a saber: organización y acompañamiento, animación y participación juvenil, formación de agentes y comunicación; a través de éstos programas trata de poder llevar a cabo sus tareas principales y por lo tanto se esfuerza por construir con los jóvenes del país la Civilización del Amor. Sus tareas principales son:
    Reflexionar, proyectar y evaluar el desarrollo orgánico de la pastoral juvenil nacional.
    Favorecer el surgimiento de estructuras básicas de animación, formación y coordinación en las diócesis y en el país e impulsar las Asambleas  y / o Encuentros Nacionales como ámbitos para discernir y profundizar el caminar de la pastoral juvenil nacional.
      Promover la creación de Centros que permitan mantener un conocimiento actualizado de la realidad juvenil y capaciten a los agentes pastorales en la implementación de la propuesta  de la pastoral juvenil.
    Acompañar a los Comisiones Diocesanas de Pastoral Juvenil.
    Mantener contacto permanente con los obispos de las diócesis.    Sensibilizar a la Conferencia Episcopal sobre la realidad juvenil y la realización práctica y efectiva de la opción preferencial por los jóvenes y apoyarla en su reflexión y en la elaboración de orientaciones para la evangelización del mundo juvenil.
    Favorecer y fortalecer el intercambio, la comunicación y la integración con la Pastoral Juvenil Regional y Latinoamericana.