La Conferencia Episcopal de Costa Rica tiene varias entidades o comisiones nacionales que trabajan las diferentes áreas de la Iglesia Católica en Costa Rica en apoyo a los Obispos. Cada comisión tiene un secretario ejecutivo nombrado por los Obispos para ayudarles a acompañar y guiar estas entidades.
Del 19 al 21 de julio 2023 los secretarios ejecutivos estarán en encerrona para reflexionar sobre su quehacer y los temas importantes de actualidad para la Iglesia. Oramos por los frutos de este encuentro.
Estas son las comisiones y sus secretarios:
| Nombre | Comisión |
| Pbro. Hernán Chávez Redondo | Comisión Nacional de Bioética |
| Pbro. Mario Segura Bonilla | Comisión Nacional de Catequesis, Instituto de Teología Pastoral |
| Pbro. Jorge Araya | Comisión Nacional de Clero |
| Msc. Juan Carlos Oviedo | Comisión Nacional de Protección al Menor y Adultos en vulnerabilidad (CONAPROME) |
| Msc. Lisandra Chaves Leiva | Comisión Nacional de Comunicación Social |
| Pbro. Jafet Peytrequin | Comisión Nacional de Ecumenismo y Diálogo Interreligioso y Obras Misionales Pontificias y Comisión Nacional de Misiones |
| Jose Marvin Salazar | Comisión Nacional de Cultura y Educación |
| Pbro. Ronny Solano Fallas | Comisión Nacional de Familia |
| Pbro Luis Alberto Aguilar | Comisión Nacional de Laicos |
| Pbro. Manuel Rojas | Comisión Nacional de Liturgia |
| Pbro. Rodrigo Muñoz Fuentes | Comisión Nacional de Pastoral Juvenil |
| Pbro. Edwin Aguiluz Milla | Comisión Nacional de Pastoral Social Caritas |
| Pbro. Jose Araya | Comisión Nacional de Vida Consagrada |
| Pbro. Minor Rivera Coto | Comisión Nacional de Vocaciones |
| Hno. Álvaro Rodríguez Echeverria. | CONFRECOR |
| Lic. Martín Rodríguez González | Eco Católico |
| Pbro. Carlos Humberto Rojas | FOCOSOL |
| Pbro. Gustavo Meneses Castro | Pastoral de Movilidad Humana. |
| Pbro. Carlos Coto Loría | Seminario Nacional Ntra. Sra. de los Ángeles |
| Pbro. Alejandro Jiménez Ramírez | Tribunal Eclesiástico de Costa Rica |
